Zeptat se je v pořádku. Já to přesně takhle používám. Mám jeden adresář, který obsahuje další podadresáře a soubory. Všechno je to zašifrované, včetně názvů adresářů. Ten si pak někam připojím a dělám změny. Jakmile ukládám, Dropbox automaticky syncuje jen změny. Dokonce umí (stejně jako rsync) najít jen změny ve velkém souboru a nahrát jen ty. Je to velmi efektivní. Viz můj článek o EncFS.