PolicyKit řeší akce, nikoliv API. Ovšem dokud máte X11, je jakákoliv podobná snaha jako lepit náplast na otevřenou zlomeninu :)
Ad polovina procesů, co něco důležitého dělá, stejně běží pod SYSTEM - to záleží na tom co daný servis dělá. Některé vystačí s účty Local Service a Network Service, další běží pod konkrétním účtem, jiné běží jako Local System.
BTW o službách na Unixech mi ani nemluvte. Jde o klubko skriptů, navíc na každém Unixu jiné. Chybí jakékoliv API, a je prakticky nemožné z kódu zjistit, jestli služba běží, případně ji spustit nebo zastavit. Světlou výjimkou je Solaris Service Management Facility. Ten bohužel ale nepoužívají ani všechny služby na Solarisu.