Nejvíc jsem v praxi asi narazil kvůli (o komentář výše zmíněnému) nepoužívání indexů uvnitř sub selectů. Tedy třeba
SELECT * FROM (SELECT * FROM customers) ORDER BY name
nepoužije index nad customers.name. Vtipné je, že pokud bych totéž zapsal pomocí view (tj. vznitřní select bych uložil jako view), index by se použil.
Řada odlišností se týká MyISAM a InnoDB tabulek. Kromě zmíněné absence full text indexů v InnoDB (ale ony reálně zas tak užitečné stejně nejsou) se jinak chová AUTO_INCREMENT. InnoDB nezaručuje, že nepřidělí již dříve použitý a smazaný index, protože si prostě hodnotu auto incrementu nepamatuje. Stejně tak nelze v InnoDB použít autoincrement nad klíčem tvořeným více sloupci.
Mám také pocit, že transakce se nesnesou s uzamykáním tabulek, takže i příkaz LOCK automaticky commitne transakci. Ale možná je to složitější a jen kecám.
Na druhou stranu, MySQL přišla s několika veleúspěšnými rozšířeními, které ostatní databáze mohou jen závidět (tedy byl bych raději, kdyby se zmohly i na víc než jen závidění ;) takže odsuzovat ji jako neschopný kus software není fér.