NTFS má řadu features, které konkurenční FS nemají. Umí ACID transakce (například zapiš do souboru A, zapiš do souboru B, proveď update databáze C, poté proveď jeden commit nebo rollback). Má ACL, quoty, transparentní kompresi, transparentní šifrování, ukládá názvy souborů vždy v Unicode, umí snapshoty, má podporu rozšířovacích modulů (například bezešvá integrace HSM), umí hard linky, je POSIX compliant. Windows nabízejí také backup API, které vám umožní provést zálohu čehokoliv bez ohledu na permissions (pokud máte permissions k tomu API), s tím že šifrované soubory se dumpují šifrované. To je velmi silná sada features.
Access Control List se dá z command line editovat pomocí cals/icals. V praxi se to ale dělá téměř výhradně z GUI. Samozřejmě vACL lze vyrobit bordel, ale zase nabízí velikou flexibilitu. Naštěstí admini vědí, jak s ACL dělat. V unixech musíte vytvářet stovky skupin, místo každé kombinace práv jednu skupinu, což je daleko horší přístup. Pokud máte na unixech ACL (což dodnes není samozřejmé), bordel lze vyrobit stejný, jako ve Windows. Rozdíl je v tom, že ve Windows ho lze v grafickém editoru ACL rychle a pěkně uklidit.
Hardlinky se pravují utilitou fsutil. Obecně se doporučuje je nepoužívat, protože mohou vést k cyklu ve stromu (proto pro ně není GUI).

