Ntfs použít můžete, ale ne jako systémový. Možná by toi nějak šlo přes initramdisk, ale s tím jsem nikdy nechtěl experimentovat.
Kdybych chtěl zašifrovat celý disk, tak se podívám na http://gentoo-wiki.com/SECURITY_System_Encryption_DM-Crypt_with_LUKS .
Btw. nápad s kopírováním stávajícího oddílu přes dd může fungovat například ve starém cryptsetupu (ne luks), ale některé šifrovací nástroje si na oddíl uloží hlavičku se svými daty a potom nelze oddíl 1:1 přenést, protože ten šifrovaný je právě o tu hlavičku menší.

