Tvorba strukturních chemických vzorců

Michal Černý 1. 12. 2010

Čas od času někteří z nás potřebují vytvořit nějaký ten chemický vzorec nebo napsat průběh nějaké zajímavé reakce. Obzvláště tvorba strukturních vzorců do organické chemie je poměrně náročná, a tak možná přijdou vhod tři softwarové nástroje, které vám s touto nepříjemnou prací výrazně pomohou.

Chemtool – efektivní kreslení pro chemiky

Prvním nástrojem, o kterém se zmíníme je Chemtool. Jedná se o poměrně jednoduchou aplikaci, která je určená pro tvorbu grafických vzorců v chemii. Asi každý, kdo se o něco podobného pokoušel například v Draw či Inkscape, mi asi dá za pravdu, že se nejedná o nijak pohodlnou činnost. Chemtool je pak nástrojem, který ji podstatným způsobem ulehčuje. Je určen především pro takzvané strukturní vzorce, které mají kromě jednotlivých prvků ve sloučeninách znázornit také jejich uspořádání. Jeho hlavní využití tedy bude v organické chemii – ať již mezi chemiky, učiteli nebo i obyčejnými uživateli, kteří potřebují podobnou sloučeninu čas od času nakreslit.


Základem kreslení je vámi zvolená šablona, která díky přichytávání k mřížce a předefinovanými body, které jsou rozmístěny po určitých úhlech (např. po 30°) umožňuje velmi rychle kreslit benzenová jádra, složeniny z nich utvořené i lineárněji uspořádané objekty. Vše je poměrně rychlé a pohodlné. Nechybí ani možnost vkládat popisky – do řádky napíšete text a pak jen klikáte, kde všude se má objevit; to je další příjemná drobnost při výpisu uhlíkových skupin či vodíků. S objekty je možné různě manipulovat, převracet je, otáčet, měnit jejich rozměry či barevnost. Nechybí ani možnost vkládání závorek. Samozřejmostí je také snadné přidávání násobných vazeb,

Velice příjemná je také galerie vzorů, která nabízí přehled základní vzorců, které je možné jednoduše umístit na plochu a pak s nimi dále pracovat. K dispozici je ze „základních stavebních kamenů“ asi vše potřebné na úrovni středních škol. Opět se jedná o příjemné urychlení a zjednodušení práce.

Potěšitelné jsou možnosti exportu – svg, mol, LaTeX, eps, png a další. Nechybí ani možnost importu souborů. Celkově je práce s Chemtool velice jednoduchá, přímočará a efektivní. Pokud potřebujete čas od času napsat nějaký strukturní vzorec, stojí jistě tento nástroj za zvážení.

EasyChem

Také EasyChem slouží na tvorbu strukturních vzorců či zápisu chemických reakcí. Jak již název napovídá, aplikace se snaží být maximálně jednoduchá a rychle funkční. Aplikace nabízí jednoduchý přepínač, kterým vyberete, jaký druh úprav chcete provádět (přidávat, rotovat objekty, přemísťovat,…). Pak je již možné se přímo dát do práce. K dispozici pro kreslení není na výběr mnoho funkcí, ale v zásadě vše dostačuje; je možné kreslit čáry (vazby), kruh, kruhovou výseč, šipky nebo vkládat text.


Práce je opravdu jednoduchá a příjemná, zvláště pro méně rozměrné scény. Nastavit je možné samozřejmě také násobnost vazeb (myslím, že daleko jednodušeji než v Chemtool) barvy, druhy šipek a čar atp. Pokud nemáte nějaké velké ambice a nevyžadujete předefinované vzory nebo širší nabídku importu, může být EasyChem tím pravým nástrojem, zvláště pro občasnou práci. Výsledné dílo pak můžete vyexportovat do eps, pdf či fig. Aplikace je dostupná pro Linux i Mac OS X.

XDrawChem

Z našeho přehledu je XDrawChem asi nejkomplexnější a nejvýkonnější nástroj, který lze na tvorbu chemických vzorců, zápisů reakcí nebo kreslení orbitalů. Spektrum funkcí tohoto nástroje je skutečně poměrně velké a to nejen v oblasti zápisu nějakých informací, neboť aplikace si poradí také s vykreslením spektra vámi zvolené molekuly nebo s analýzou síly vazeb. Při tvorbě materiálu je možné si nechat zobrazit mřížku, aby výsledek měl patřičnou estetickou úroveň.

XDrawChem nenabízí kreslení molekul pomocí osmiúhelníku, ale k dispozici je sada nejčastější tvarů, jako je benzenové jádro, cyklohexan a další. Mimo to je k dispozici poměrně bohatá a dobře strukturovaná nabídka nejčastějších organických látek a skupin, které je možné přímo vložit. Pokud si potřebujete něco dodělat sami, není třeba se nijak obtěžovat s estetikou návrhu – ten pak jedním tlačítkem vytvoří přímo program, což je další příjemné zjednodušení a urychlení práce.

Aplikace nabízí také znázornění vazeb, orbitalů či fotonů; kreslení kruhových výsečí, závorek na vzorce a mnoho dalšího. To vše opět na jedno kliknutí. Zajímavým zlepšovákem je také možnost seskupovat objekty dohromady, tak jako v klasickém, vektorovém editoru a manipulovat s nimi současně. K dispozici je také zoom.


widgety

Užitečné je, že standardní tvorba schémat je na klasický formát A4, což usnadňuje práci s tiskem. Naopak ne zcela ideální je práce s textem, u kterého by se hodilo inteligentnější zalamování. Perfektně je proveden export dat – od klasického PDF, png či svg až po formáty programů pro chemicky.

Aplikace nabízí poměrně vysoký komfort a pokud pracujete s chemickými vzorci často, jistě jeho možnosti oceníte. Na druhou stranu je potřeba konstatovat, že aplikace čas od času nepředvídatelně spadne a pro jednodušší práci se možná jedná o nástroj z kategorie „kanón na vrabce".

Našli jste v článku chybu?
Vitalia.cz: dTest odhalil ten nejlepší kečup

dTest odhalil ten nejlepší kečup

Lupa.cz: Blíží se konec Wi-Fi sítí bez hesla?

Blíží se konec Wi-Fi sítí bez hesla?

Vitalia.cz: Muž, který miluje příliš. Ženám neimponuje

Muž, který miluje příliš. Ženám neimponuje

Podnikatel.cz: Udělali jsme velkou chybu, napsal Čupr

Udělali jsme velkou chybu, napsal Čupr

Vitalia.cz: Ošklivá zelenina s 10% slevou? Není to málo?

Ošklivá zelenina s 10% slevou? Není to málo?

Vitalia.cz: 5 chyb, které děláme při skladování potravin

5 chyb, které děláme při skladování potravin

DigiZone.cz: Rapl: seriál, který vás smíří s ČT

Rapl: seriál, který vás smíří s ČT

Vitalia.cz: Tahák, jak vyzrát nad zápachem z úst

Tahák, jak vyzrát nad zápachem z úst

DigiZone.cz: Technisat připravuje trojici DAB

Technisat připravuje trojici DAB

DigiZone.cz: Světový pohár v přímém přenosu na ČT

Světový pohár v přímém přenosu na ČT

Podnikatel.cz: Tyto pojmy k #EET byste měli znát

Tyto pojmy k #EET byste měli znát

120na80.cz: Nejsilnější alergeny jsou pryč

Nejsilnější alergeny jsou pryč

Vitalia.cz: Jsou vegani a vyrábějí nemléko

Jsou vegani a vyrábějí nemléko

Vitalia.cz: Tohle jsou nejlepší česká piva podle odborníků

Tohle jsou nejlepší česká piva podle odborníků

Vitalia.cz: Antibakteriální mýdla nepomáhají, spíš škodí

Antibakteriální mýdla nepomáhají, spíš škodí

Lupa.cz: Další Češi si nechali vložit do těla čip

Další Češi si nechali vložit do těla čip

Vitalia.cz: Voda z Vltavy před a po úpravě na pitnou

Voda z Vltavy před a po úpravě na pitnou

Lupa.cz: Jak levné procesory změnily svět?

Jak levné procesory změnily svět?

120na80.cz: Galerie: Čínští policisté testují českou minerálku

Galerie: Čínští policisté testují českou minerálku

DigiZone.cz: Nova opět stahuje „milionáře“

Nova opět stahuje „milionáře“