Zdravím;
je hezké, že se zde na rootu tak často probírá vědecký software; ale text tohoto článku mi připadá jako překlad (nechemikem) nějakého cizojazyčného článku psaného někým, kdo se zabývá více počítačovou grafikou než chemií nebo uplně nechemikem. (Spíš než překlad článku by se sem víc hodil link na původní článek)
Jinak jsou odkazy na zajímavé prográmky, které určitě vyzkouším, protože to co používám teď je naprosto otřesné, jen že jsem v tom prostředí zvyklý, tak se mi nechtělo ztrácet čas zkoumáním ničeho dalšího.
Pro chemiky, zvlášť pak organiky, kteří často takové nástroje potřebují: BKChem - jede v pythonu, export do SVG, ODG, PDF, PS... Marvin Sketch - super nástroj, jede v Javě. A pokud máte licenci, tak veškeré součásti ChemOffice (včetně ChemDraw) jedou naprosto bez problémů pod wine.
Ak to niekto mysli vazne tak Chemoffice je najlepsou volbou, cez Wine funguje vsetko celkom slusne az na antialiasing (resp ine vyhladzovania), na pohlad to nie je az take pekne ako vo Windowse. Ja osobne som vyuzival kedysi na skole nie prave kupenu verziu Chemoffice (skusal som vsetky alternativy, ale nedokazal som udrzat krok s prednasajucimi v skole v nicom inom).
To s tym antialiasom plati pre verziu tusim 9, neviem ako je na tom ten sw (ci wine) momentalne.
Na sazbu čehokoli záludného je přeci TeX. Co třeba balíček PPCHTeX? http://www.pragma-ade.com/general/manuals/mp-ch-en.pdf
Je vidět, žes nikdy ty struktury nekreslil. Programy tohoto typu se ve většině případů používají jako "chemická kalkulačka", přičemž jakékoli použití LaTeXu jde stranou. Pak, když dospěješ do fáze, že něco objevíš a opravdu to použiješ k publikaci svých poznatků, potřebuješ to exportovat pro publikaci. Ano, v tomto případě je balíček PPCHTeX pro LaTeX použitelný, ale NIKDO ho nebude používat přímo. Pokud někdo tento balíček používá, tak jedině nevědomky jako modul pro export do PDF, PS apod. Vůbec bych se nedivil, kdyby například Marvin na tomhle balíčku měl postavený export (nevím, neověřoval jsem si to). Valná většina chemiků, kteří používají tyto programy jsou otroci MS Windows a ChemOffice. Vydavatelství, která přijímají články k opublikování, akceptují formát .doc v každém případě, dnes už naštěstí stále častěji i .odt a .tex, ChemDraw je pro ně modla a každé vydavatelství pro ChemDraw poskytuje konfigurační soubory se stylem (definuje délku a šířku čar pro vazby, vel. písma, font...).
K použití zmíněného a podobných balíčků je tedy NUTNÁ grafická nadstavba.
Chemtool byl první aspoň trochu použitelný kreslící program pro chemické struktury pod Linuxem. Začal ho vyvíjet jeden německý student chemie a já jsem ho v té době kontaktoval a bombardoval záplatami a požadavky na nové funkce. Jenže student dostudoval a odešel. Jeho šéf byl tak hodný, že vyslyšel mé prosby a dále program rozvíjel, přepsal ho pod GTK a přidal výpočty molekulových hmotností, které převzal z modulu, který jsem pro chemtool napsal. Výstup sloužil pro vkládání do latexu, aspoň tak jsme to tenkráte používali. Pro nestatndardní ovládání a neustálé problémy s formátováním superskriptů a subskriptů ve značkách jsme byli ovšem neustálým terčem výtek ze stran uživatelů a program byl hodnocen obecně dost špatně. Alternativy sice vypadaly hezky, ale zato uměly houby, to ovšem nikoho nezajímalo. Program sice úplně nezapadl, ale poslední léta se nevyvíjí.
Jediný skutečně výborný a všestranně použitelný program je Marvin, jak již bylo zmíněno. Funguje i přes síť a využívají ho i veliké firmy (Databáre Reaxys...).
ChemDraw ve wine funguje výborně, ale musím zde sdělit svůj osobní názor: Celý ChemOffice je odporná kupa hnoje. Je s podivem, že tak příšerný program sebral celý segment zákazníků. Zažil jsem chemických malovátek spousty - od WIMP pod DOSem (v tom dělali vzorce pro katalog Aldrich), přes verze Wimpu pro Mac a Win, přes Chemwindow a jeho mutaci pro Mac, přes různé IsisDraw a spol. až po ten ChemDraw - a poslední, dnes nejvíce používaný (protože na něm bazírují chemické časopisy), ten má jednoznačně nejhorší poměr cena/výkon. Některé typy vazeb dodnes neumí namalovat správně. Je to dokonalá analogie se světem MS Windows kontra ostatní OS.
Děláme tady v ČR s několika kolegy software, co se jmenuje Instant JChem.
Je to postavené nad Marvinem (díky, že ho tady chválíte!) a dalších knihovnách od Chemaxonu.
Je fajn vidět fórum, kde se sešli chemici se zájmem o IT (nebo obráceně).
Kdybyste někdo chtěl třeba zajít na pivo, rádi se seznámíme i osobně s lidmi, co mají podobné zájmy.
Teď zrovna hledáme někoho, kdo umí chemii a Javu současně :-)
Dejte vědět: phamernik (at) cheamaxon.com.
Nemohu se ubránit pocitu, že v článku uvedené programy jsou nejhoršími možnými volbami. IMHO, u 2D chemických programů je velmi důležité jak si rozumí s 3D programy (e.g. s formátem mol) a to si žádný z programů uvedených v článku nerozumí. V tomto ohledu je výborný Marvin (který je free). Na adresu ChemDraw bych akorát řekl, že pro linux se najdou lepší komerční programy než CD a obejdou se bez Wine.