Nautilus a předpokládám, že i správci souborů z jiných desktopů, umí pracovat s Trackerem, takže jedna cesta by asi byla implementovat do Trackeru funkci, aby indexoval soubory i podle XDG atributů.
Anebo něco na úrovni VFS, jako byly Queries v BeOS. Přinejmenším do upstream jádra by se něco takového dostalo asi jen přes Linusovu mrtvolu, ale i tak by šlo mít nějaký pseudoadresář ovládaný přes FUSE, se všemi soubory roztříděnými podle atributů.