\usepackage[czech]{babel} je v českých uvozovkách, kterése dají jednoduše dodefinovat. Na své instalaci jsem zkoušel i Beamer a nebyl s tím problém. Takže doporučuji do hlavičky přidat patřičný babel, použít latex, pdflatex a dál to neřešit. Tohle řešení už nějakou dobu používám a jsem naprosto happy.