Mně osobně, jako uživateli by se mnohem víc líbilo, kdyby zmizely tečkové soubory z mého domácího adresáře. To by byla změna, která by na můj život měla mnohem větší vliv.
Přeju si mít jediný podadresář /home/pepa/.settings a v něm všechnu konfiguraci. To, že souborové manažery tečkové soubory a adresáře nezobrazují není řešení, ale strkání hlavy do písku.
Vůbec nechápu jak může v systému, jehož silnou stránkou by měla být jednoduchost a účelnost může být trpěn tak neuvěřitelný binec.
Stěžuj si u vývojáře aplikace, který ten $HOME zasírá, místo aby to ukládala do $XDG_CONFIG_HOME (defaultně $HOME/.config), kam to patři.
http://standards.freedesktop.org/basedir-spec/basedir-spec-latest.html