DNSSEC s IPv6 nesouvisí, takže tady bych problém neviděl. K oststnímu jste uvedl příliš málo informací, než aby vám někdo mohl pomoci. Založte nové téma na fóru, popište co máte jak nastaveno a jak se projevuje, že to nefunguje.
PS: Nezačaly problémy v srpnu 2010? Pak by to mohlo souviset s rotací KSK klíče a zavedením NSEC3 v zóně CZ.