Hm. Takže prostě Firefox obalit skriptem, který ty soubory zkopíruje před startem na temp a linkne a po ukončení zase nakopíruje zpátky. Jak to vyřeším pod Windows ale nevím.
V linuxu existuje ASD a další aplikace, které přesně tohle řeší (v konfigu je možné zvolit které složky se při startu budou linkovat na tmp). O start se stará init resp. systemd automaticky.