Myslím, že by stage1 a stage2 být ani nemuselo. Pokud chci jiné USE/*FLAGS pro systém nebo updatovat na nejnověší sw, vyjde nastejno, jestli ve stage3 udělám emerge -e world nebo jestli pojedu od stage1/2. Jestli chci systém už kompilovat na nejnovějším základu, provedu předtím emerge -e system (výsledek stejný jako když jedu od stage1). Jediná nevýhoda, která mě napadá, je rozdíl těch 60 MB (nebo kolik) navíc.
Mimochodem, ještě lepší by byla nějaká "stage4" s už předkompilovaným např. KDE nebo Gnome, instalace Gentoo by pak byla možná i rychlejší a jednodušší než u binárních distribucí.