Obecně jsou si všechny tyto systémy velice podobné. FreeBSD je nejrozšířenější, dobře etablovaný a dá se pohodlně používat i na desktopech. NetBSD je orientovaný na snadnou portabilitu a maximální možnou kompatibilitu s klasickými unixovými standardy (pokud něco takového vůbec existuje :-). OpenBSD má zase image vysoké bezpečnosti a širokou podporu kryptografie.
Co dát na server to záleží na vašich osobních preferencích, zkušenostech, atd. Klidně to může být i Linux. V praxi budete stejně na všech systémech používat podobný software (Apache, ftpd, OpenSSH atd.).
Pokud bych si měl vyzdvihnout jeden z těchto tří BSD systémů, tak právě OpenBSD, prostě proto, že s ním mám nejvíc zkušeností a kvůli argumentům, které jsem shrnul v článku.