Podobně jako mnozí jiní i já jsem napsal svou diplomovou práci v LyX-u (120 stran) a musím říci, že mé zkušenosti nejsou zcela pozitivní a jednoznačné, a pokud bych ji měl psát znovu, hodně bych se rozmýšlel, zdali se nevrátit k Wordu.
Je pravdou, že LyX umožňuje dobře soustředit se na psaní, umí elegantní práci se styly, má krásný grafický výstup a nabízí nepřeberné další možnosti díky schopnosti zpracovat LaTeX-ové příkazy, na druhou stranu dokáže způsobit více frustrujících a stresujících zážitků než Word. Především se často stane, že dokument přestane z nějakého záhadného důvodu fungovat, přičemž LyX poskytne hlášku, ze které často vůbec nelze odvodit, kde se chyba nachází (což při 120 stránkách je docela problém), a mnohdy ani nevysvětluje, o jakou chybu se jedná (a řešení nelze ani nalézt na internetu). Hledáním toho, kde takový problém vznikl, pak člověk stráví tolik času, že by vlastně na konci byl vděčný za hloupý Word.
LyX mi přišel jako velmi sympatický program, bohužel se mi však zdá, že zatímco nabízí tisíce krásných možností, ve kterých snadno předčí Word, jinde naopak v tom základním (v možnosti se spolehnout na něj a na to, že co napíšete, bude fungovat) selhává. Až budu psát někdy svou další práci, jistě mě to k němu bude znovu lákat, ale vím, že podlehnu-li, přinese mi to vedle dětinské radosti nad jeho drobnými vychytávkami také opět mnoho zbytečných starostí. Každopádně projektu fandím a doufám, že se zlepší.
Mám velmi podobné zkušenosti. Dělal jsem v Lyxu bakalářskou práci a byl jsem nadšený z toho, jak snadno lze udělat dobře vypadající dokument... dokud nenastaly nějaké problémy. Když začne Lyx házet chyby, tak je to katastrofa, protože člověk nevidí "pod kapotu" a tak nemá tušení, v čem ta chyba je a jak jí napravit.
S bibliografií jsem měl největší problémy. Na internetu lze sice nelézt několik stylů, které by měly vytvořit bibliografii podle českých norem, žádný z nich mi ale nefungoval zcela správně. Musel jsem dlouho experimentovat a ručně editovat kód stylů, než jsem dosáhl výsledku, se kterým jsem byl jakž takž spokojen. Strávil jsem s tím několik dní! Takže produktivita nic moc...
Nechci aby to vyznělo tak, že Lyx zavrhuji... je to dobrý software a pravděpodobně ho ještě někdy použiji, ale je myslím potřeba dodat, že při jeho používání můžete narazit na různé nepříjemnosti.
Tyhle problémy pochází z toho, že je to nadstavba nad LaTeXem. A jakmile nastanou, je potřeba mít alespoň základy LaTeXu.
Různé chyby se dají celkem v pohodě lokalizovat a tlačítko "zobrazit úplný log" docela pomáhá. Jen je potřeba rozumět tomu kódu, který to generuje.
Řazení bibliografie je problém LaTeXu, nikoliv LyXu (i když se to v něm projevuje taky).
TeX (tím pádem i LaTeX) vnitřně pracuje s jiným kódováním než UTF8, TeX jako takový dokonce s UTF8 ještě do relativně nedávné doby pracovat neuměl, a pokud jediná hlava pomazaná (prof. Knuth) tohle nezměnila, tak to ani nikdy umět nebude. LaTeX a další odvozeniny s UTF8 pracují (případně dokonce neumějí pracovat s češtinou v kódování jiném), ale v preprocesingu se to celé převádí na 8 bitové vnitřní kódování TeXu (což může dělat problémy při řazení podle abecedy).
Naštěstí bibliografie, rejstříky apod. lze mít v separátních souborech a ty řadit podle abecedy (nebo s nimi jinak manipulovat) jinými prostředky systému (na to je dobrý Linux, že je tam Perl apod., takže se dá bohatě na podobné hry s texty použít).