Petře, nespravuje náhodou v GNOME 2 plochu spíše Nautilus, než GNOME Panel? Nejsem si jist, ale pokud v Xfce pustíš příkaz nautilus, nahradí ti Xfce plochu tou z GNOME, aby se to nestalo, musíš ho pustit s parametrem --no-desktop.
"Chybí v ní například tradiční panel se spuštěnými aplikacemi, proto je nesmysl, aby se správce plochy jmenoval Gnome Panel. Tato komponenta byla přejmenována na Gnome Shell."