Meld jsem používal i na Windows, ale nezávisle na OS je bohužel velmi náročný na fyzické prostředky, zvlášť u větších diffů. Na druhou stranu ale umí i porovnání složek (též trojcestné) a podobné vychytávky.
Po přečtení článku (mmch velmi užitečného) se mi zamlouvá KDiff3. Asi jej zkusím, třeba nebude takový žrout paměti.
Na win dpoporucuju WinMerge jp https://github.com/sdottaka/winmerge-v2/. Je to fork Puvodniho WinMerge ktery zvlada mj i 3way merge.