Taky jsem měl nějaké starší soubory pojmenované podobně, ale vyřešil jsem to pomocí exiftags, grepu, sedu apod. takže pro mě bohužel pozdě :-(
Teď používám na stahovaní alias pro gphoto:
alias gphoto2='gphoto2 --filename "%Y-%m-%d_%H:%M:%S.%C"'
Ale stejně se občas objeví dva snímky vyfocené ve stejnou vteřinu.
Co se týče ladění pomocí výpisů, tak používám o chloupek lepší log4j nebo prostý java.util.logging.Logger. To je samozřejmě pro javu, ale pro perl bude určitě něco podobného.