Ja pouzivam SSH Secure Shell for Workstations (momentalne verze 3.2.0) - viz http://www.ssh.com/support/downloads/secureshellwks/ pod nekomercni licenci (pro neziskove organizace, univerzity, personalni pouziti atd. je free).
Klice si uklada do separatnich souboru v adresari "C:\Program Files\SSH Communications Security\Users\[username]\HostKeys\", soubory se jmenuji "key_[port]_[IP adresa nebo hostname].pub" (pro blbe: napr. "key_22_172.16.174.5.pub").