Stejný problém měl před nějakou dobou myslím ZIP. Byly tam dva "Central directory file header". Winrar to rozbalil špatně, 7zip správně a průzkumním Windows jako jediný napsal chybu, že je něco špatně. Byla jen otázka času, než se něco podobného objeví jinde.
Nejlepší obrana je důsledná specifikace formátu, která neumožní prostor pro různá kreativní řešení nebo zkratky. A pak taky správná implementace takové specifikace.