Velkou část práce BIOSu při bootu zabere příprava podpory pro MS-DOS. Pokud bootujeme Linux, je to jen ztracený čas. Mnoho projektů jako LinuxBIOS nebo Open Firmware se snaží nahradit proprietární BIOS vlastním kódem, který jen zavede a spustí linuxové jádro. Článek na IBM.com se snaží celý problém rozebrat a popsat jednotlivá řešení.