Samozřejmě, že běží poběží nativně. Nedovedu si představit, jak by chtěli prodávat support ke splácanině s Wine.
Navíc už kdysi na jejich blogu ukazovali, jak jim běžel Unity Player ve Firefoxu. A jak správně říkáte, jelikož už to běží na OS X, iOS i Androidu, tak rozběhnout to v Linuxu by neměl bejt problém.
Unity4 je nativně podporované i na Linuxu: http://unity3d.com/unity/4/faq