Tam problém není. Největší problém je nutnost, aby použitý iso- nebo homomorfismus zachovával (a/nebo mapoval) další operace.
Šifra je jasný isomorfismus. Problém je, že jediná operace kterou zachovává, je "=", což na zpracování ciphertextu nestačí, maximálně nejjednoduší relace. Logaritmus je třeba taky isomorfismus, kterej navíc zachovává porovnání (v R₊), a navíc mapuje násobení na sčítání. Ale k šifrování je nevhodný.
Ten hlavní problém je, že když chcete, aby to dělalo nějaké výpočty nad ciphertextem (dejme tomu nějaké polynomiální funkce), ale současně nechcete, aby z toho šlo zpětně odvodit plaintext, tak se možnosti dost zužují, a pokud už je něco bezpečného, tak neuvěřitelně roste jak výpočetní náročnost (udělejte efektivní násobení malých integerů, když neznáte jejich bity a jsou representované čímsi co má kilobity+, i když obrazem násobení je opět násobení), tak i kolik místa to zabere (7B model, kde má každý parametr kilobit, je na dvě věci).