Ano, já to pochopil. Ale automatický nástroj na váš postup neznám a ručně sestavit seznam s velikostmi na obou strojích, oba srovnat a jen ty stejné pak hashovat jistě jde, ale je to pracnější - tedy myslím více operací člověka a méně operací CPU :)
Navíc ještě ty lokální fdupes etc. používají další metodu, kdy se dva soubory stejné velikosti čtou od začátku a porovnávají se. Pokud se najde první rozdíl, tak může přestat, což je rychlejší než číst celé soubory a dělat jejich hashe. No možná pro hodně souborů je zase rychlejší použít hashe, než otevřít stovku souborů a ty paralelně číst.