Kořenový certifikát populární služby Let's Encrypt byl zařazen na seznam důvěryhodných certifikátů v produktech firmy Microsoft. Kromě toho je již důvěryhodný pro produkty Google, Apple, Mozilla, Oracle a Blackberry. Certifikáty od Let's Encrypt byly důvěryhodné od prvního dne díky přenesené důvěře od běžně důvěryhodné autority IdenTrust, která podepsala mezilehlé certifikáty projektu Let's Encrypt.
Nyní by mělo být možné ověřovat certifikáty i přímou cestou z kořenového certifikátu Let's Encrypt. Záleží, zda server pošle mezilehlý certifikát vystavený kořenovým certifikátem Let's Encrypt, nebo vystavený kořenovým certifikátem IdenTrust. Druhý jmenovaný je v tuto chvíli stále doporučovaným řešením, neboť kořenový certifikát IdenTrust je stále o něco důvěryhodnější. Dá se však předpokládat, že budoucnu dojde k přechodu. Mezilehlý certifikát podepsaný autoritou IdenTrust má platnost do 17. března 2021.
