IIRC nic z toho nezávisí na tom, jestli jde o TCP nad IPv4 nebo IPv6. To nové sysctl je sice pod net/ipv4, ale to je jen proto, že z historických důvodů jsou tam všechna nastavení pro TCP, i když většina z nich není specifická pro IPv4.
Nevím, který workaround přesně máte na mysli, ale jestli používá příkaz iptables, tak to na IPv6 vliv mít nebude (s nft by mělo jít definovat společná pravidla pro IPv4 i IPv6).