Nasaďte moderní web server s Nginx (školení)

htaccess je mor

To je spíše otázka návrhu aplikace, proč by vůbec měly být složky, které nemají být dostupné, umístěné uvnitř veřejně mapované složky webu a ne někde vedle? Pokud to používám z bezpečnostních důvodů, tak dané skripty nebudou asi nejlépe napsány, když jejich přímé volání může mít bezpečnostní dopady. Není dobré všechno nechávat na .htaccessu, pak může vzniknou htaccessové peklo, kdy je na webu desítky .htaccess souborů různě vnořených v různých složkách a nikdo se v tom nevyzná. A navíc je .htaccess jednou z největších brzd v Apache.

jestli řešíte bezpečnost vašich produkčních aplikací pomocí .htaccess, tak to je snad radši ani vidět nechci

tak to jsi nikdy nevidel asi produknej web.
kde potrebujes zamezit pristup do 80 pct zlozek ktere jsou dostupne jen pres skripty a ne pres web

To je chyba architektury aplikace. Data, co nemají být přístupná přes web, nemají co dělat pod document rootem.
Zabezpečené části webu je zase daleko jednodušší mít na odděleném virtuálním http serveru, pod jednou centrální konfigurací.

.htaccess je zabiják výkonu a je velmi náchylný na chyby.

Hostingové panely často umožňují aspoň částečnou vlastní konfiguraci web serveru, takže .htaccess přestává být nutnosti. Ale zvyk je železná košile a vývojáři jsou spíš kopírovači "how-tos", než aby přemýšleli nad architekturou.