Hele já jsem prostě pomalejší a něco mi uniká...
Jednotlivý počítač i server v Internetu. Konfigurace je taková že o synchronizaci času žádá počítač/server.
Příchozí (nevyžádané) zprávy jsou standardně blokovány (bez odpovědí) - tedy možnost zahlcení daného počítače minimální, a možnost zahlcení dalších počítačů od následné komunikace tohoto počítače je nulová (předpokládám že ty delší odpovědi by měly jít směrovat na určený cíl, namísto na původní zdroj).
P.S.
To nemluvím o tom že většina počítačů i serverů komunikuje se známým NPT serverem a není tedy problém udělat pravidla úplně a přesně vyhovující potřebě.
Nojo, TOR, to je hodně dlouhé vedení.
Máš-li na serveru ntpd, slouží v základním nastavení zároveň jako klient, i jako server, tedy odpovídá na žádosti o přesný čas. Pokud to nezakážeš, je výchozí konfiguraci navíc umožněno komukoli získat ze serveru provozní informace, kterých může být na malý dotaz celkem dost.
Něco jiného je, pokud používáš jen SNTP, který se jednou za čas probudí, zjistí aktuální čas a dostaví hodiny. Jenže to se zase nedoporučuje, protože čas se mění skokově a to může některým programům (třeba Dovecot) hodně vadit.