I když je Linux open source, tak velká většina distribucí dnes obsahuje některé proprietární části. Jedná se většinou o nějaké binární balíčky připravené výrobcem a nejsou k nim dodávány zdrojové kódy.
Někteří skalní fandové open source a stejně tak FSF (Free Software Foundation) doporučují kompletně odstranit všechen proprietální software a využívat pouze open source zdroje. Uvádí pět hlavních důvodů.
- Modifikace a distribuce
- Spolehlivost
- Kontrola
- Chyby
- Přenosnost
Na serveru Cyberciti.biz představují pět takovýchto distribucí, které toto doporučení naplňují beze zbytku. Najdeme zde gNewSense, Dragora, BLAG and GNU, Musix GNU/Linux a Trisquel. Součástí článku je také odkaz na doporučené distribuce od FSF