Jak roste vliv SSD disků, je potřeba na ně připravit i souborové systémy. Jednou z nejdůležitější funkcí, kterou by měl souborový systém na SSD disku podporovat, je TRIM. Díky ní může říct souborový systém disku, o které bloky už nemá zájem a disk o tom nemusí rozhodovat sám. TRIM ještě není samozřejmostí u všech linuxových souborových systémů, ale s jádrem 3.7 se k Ext4, Btrfs, XFS, GFS2 a FAT přidá JFS.