Vývoj gnuplotu se nikdy nezastavil, viz např. ChangeLog a aktivita na mailing listu. Mezi 4.0.0 a 4.2.0 sice nebyla vydána žádná oficiální verze, ale vývojové verze gnuplotu 4.1 byly k dispozici přes cvs a čas od času i jako tarball či zkompilované binárky pro některé systémy. Stejně tak je tomu i v současné vývojové verzi 4.3.
