Deduplikace je proces, který pomáhá šetřit volný prostor na disku. Může fungovat na úrovni souborů, bloků nebo bytů. Pro data jsou vytvořeny jedinečné otisky, které si souborový systém uchová ve zvláštní tabulce. Pokud se na disk poté pokusíme uložit stejná nebo podobná data, nealokuje se pro ně další místo, ale jen vznikne záznam v tabulkách s otisky. V případě mnoha duplicitních souborů (například u virtualizace nebo záloh) může deduplikace zajistit až několikanásobně větší prostor na disku. Sun nyní oznámil, že souborový systém ZFS má nyní integrovanou podporu deduplikace, kterou stačí jednoduše aktivovat.