Na společnost Comodo se snesla vlna kritiky poté, co se ukázalo, že se snaží registrovat ochranné známky Let's Encrypt, což je název bezplatné certifikační autority. Melih Abdulhayoğlu, ředitel Comodo, to vysvětlil tak, že jde o jakousi odvetu za to, že Let's Encrypt okopíroval model vydání certifikátu na 90 dní zdarma právě od Comoda. Tím situaci ještě zhoršil, protože pomyslný patent na časovou lhůtu zní absurdně.
Později však přišel technický ředitel společnosti Robin Alden s vyjádřením, že Comodo značku Let's Encrypt nechá na pokoji: Když už je Let's Encrypt fungující byznys, tak bychom nepokračovali v procesu žádosti o ochrannou známku. (…) Josh (ředitel ISRG, pozn. red.) neměl pravdu, když řekl, že jsme odmítli žádost zrušit. Jen jsme Let's Encrypt neřekli, že máme v plánu nechat ji vypršet. Let's Encrypt jsme to teď sdělili.
