Používám oba. ECryptFS na šifrování domovské složky a EncFS na práci, některé fotky a zálohy. Výkon jsem nikdy neměřil, s ecryptfs jsem ale již několikrát narazil na různé problémy s keyutils, kdy selhalo automatické načtení klíčů do jádra. Bez těch se k šifrovaným datům nedostanete... S EncFS jsem nikdy žádné problémy neměl, data navíc můžete rozšifrovat i na jiných platformách, jak píše článek.
A neprejte si vedet, co vam EcryptFS udela se souborem, kdyz pri jeho kopirovani do sifrovane slozky dojde misto na disku. Normalne se bude tvarit, jako ze se to zkopirovalo. Bude videt a asi mit i spravnou velikost. Ale nepujde precist. Clovek dostane nejakou podivnou hlasku a smytec. Nastroj na opravu neexistuje a je otazka, jestli by tam vubec bylo co opravovat. Mozna tam ani nejsou zadna data, ale to se tezko opravi, kdyz jedina funkcni operace nad souborem je delete.