Pokud je certifikát self-signed, není podepsán žádnou autoritou, je podepsán svým vlastním privátním klíčem.
Jak je v článku napsáno, certifikát do CT může vložit kdokoli, takže tam podle mne můžete vložit i certifikáty vystavené svou vlastní autoritou. Akorát jsem zvědav, zda to nepovede k DDoS útokům na CT.
Máte pravdu, každý provozovatel CT stromu si sám definuje, jaké autority bude akceptovat. Tím pádem bude muset existovat možnost pro některé certifikáty autorit CT vypnout, protože zrušení firemních a antivirových CA neprosadí ani Google.
Se self-signed certifikáty bych si starost nedělal, u nich je jasné, že v CT nebudou, takže u nich bude snadné aplikovat tu výjimku.