Je to něco jiného. Let's Encrypt generuje certifikáty, DANE (TLSA) umožňuje do domény přidávat jejich otisk pro zlepšení důvěryhodnosti. Bohužel to dnes není implementováno v prohlížečích, takže na DANE se nedá v praxi spolehnout a v dohledné době se to bohužel nezmění.
Doporučuji přečíst článek: Připíchněte si SSL certifikát k doméně, vyzkoušet si to můžete v praxi třeba na serveru LinuxDays.cz, ale budete potřebovat rozšíření DNSSEC/TLSA Validator.