Zkusil jsem to ověřit a máte pravdu, současné acme.sh si v kombinaci s acme-dns to nedokáže. acme.sh totiž nejprve vytvoří všechny TXT záznamy a čeká, až se vypropagují. A protože acme.sh nejspíš neumí použít více než jeden acme-dns server, a zároveň je v acme-dns limit na 2 TXT záznamy, tak si acme-dns záznamy přepíše.
Pro cert-manager by mělo stačit použít spoustu malých zón v acme-dns. Nicméně to jsem už nevydržel ověřovat až do konce.
Tohle chování se nám v produkci neprojevilo, protože většinou generujeme oddělené certifikáty pro několik málo common names najednou. Přestože jsou všechny certifikáty pro jednoho zákazníka směřované do jedné zástupné zóny v acme-dns, tak se potom ověřují postupně a na problém s přepisování TXT záznamů jsme nenarazili.
Díky za upřesnění.