Ta rozhozená diakritika PDF z TeXu je bohužel důsledkem způsobu generování diakritiky v TeXu. Svého času jsme řešili extrakci textu z PDF a museli jsme nahrazovat kombinace správnými českými znaky. Možná by s tím měl problém i Adobe Acrobat (nezkoušel jsem, nemám).
Ta diakritika v TeXu se da vyresit pouzitim vhodneho fontu. Mne to pod ubuntu funguje s pouzitim pdfcslatexu a v hlavicce mam
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{czech}
\usepackage[utf8]{inputenc} % To aby latex rozumel cesky napsanym zdrojakum
\usepackage[T1]{fontenc} % To aby nesazel pismenka s diakritikou jako 2 slozene znaky
\usepackage{lmodern} % toto je font v T1 kodovani podobny standardnimu cm fontu
Pak je mozne z PDF souboru napriklad pretahnout text mysi do wordu^H^H^H^H^H nejakeho jineho editoru.