Proxy se věnuji v dalším díle, i takhle je ten článek poměrně dlouhý ;-) Takže když trochu předběhnu, můžu poradit - zkuste to přes nastavení proměnných shellu http_proxy a ftp_proxy.
export http_proxy="http://localhost:5001"
v mém případě.
S nastavováním proxy v apt.conf mám smíšené zkušenosti. Například mám podezření, že Synaptic tohle nastavení úplně ignoruje!
Jinak apt-get mi chodí i přes velmi restriktivní http-only-proxy (squid)
