Ja v Jave nerobim, ale nasiel som na webe celkom pekny navod ako nato: http://www.redhat.com/support/wpapers/redhat/gcj/gcj.pdf
Podla toho je na vstupe subor .java, na vystupe je nativny spustitelny subor a potrebujete kniznicu libgcj. Ten navod je dost stary, takze veci sa mohli zmenit - predpokladam k lepsiemu ;-)