Odpověď na názor

Pro uživatele rolling distribucí s bohatšími repozitáři Flatpak takový benefit nemá, možná mimo komerčních aplikací (typově Spotify, různé ElectronJS klienti atp.).
Nicméně pokud jedete na klasicky verzovaných distribucích, co mají třeba dvou, tříletý cyklus plus nějakou extended podporu, tak je to podle mě rozumný způsob jak mít v systému aktuální verze mnoha aplikací, které navíc často vydává a testuje přímo jejich autor.
AppImage je za mě zajímavý možná pro portable aplikace, co chcete spouštět bez dalších runtime, jinak ne. Nemá to, logicky, žádnou přímou integraci do systému, aktualizace (bez dalších služeb), žádné sdílení atp.

Jinak mi přijde, že to někteří lidé vnímají strašně fundamentalisticky. Takhle to má být, to je ta jediná správná "Linuxová" cesta. Naopak s troufám tvrdit, že většina uživatelů vnímá spíš benefit toho, že má dostupné aktuální verze aplikací, které může používat.
U pár lidí okolo mě to třeba byl jeden z důležitých aspektů vedoucích k tomu, že s Linuxem můžou pracovat většinu času jako s primárním desktopovým prostředím.

Pro vývojáře desktop aplikací, speciálně pokud jsou to jednotlivci nebo malé týmy, co dělají multiplatformní desktop aplikace, je tohle konečně způsob, jak přímo do pipeline dát jedno oficiální, univerzálně použitelné sestavení pro Linux, které můžou testovat, řešit vůči němu bugy bez toho, aby odhadovali, co s tím provede další balíčkář, vůči kterým knihovnám to sestaví atd.
Ano má to i své nevýhody (např. více zabraného místa, pro někoho to může být i bezpečnost v případě staších knihoven, ale to je obecný aspekt všech "kontejnerových" řešení). Nicméně i s nimi to může pro spousty lidí pořád být velmi rozumný způsob, jak přidávat aplikace, co nejsou v distribučních repozitářích, pokud zkombinují nativní balíčkovací systém a právě Flatpak.