Odpověď na názor

Snap má daleko větší overhead, protože připojuje komprimované image a pak je stackuje. Takže se ty aplikace skutečně spouští citelně pomaleji.
U Flatpaku to zdaleka tak hrozné není, ano resolvují se symlinky, je tam nějaká izolace, ale na většině strojů to reaguje v podstatě stejně jako nativní aplikace. A ano samozřejmě se případně natahuje další runtime, takže na strojích, co mají omezené množství RAM, tohle může být znát.
Nicméně i např. na mém nejstarším stroji, což je teď nějaká mobilní dvoujárdová i3 z r. 2013 ve zrecyklovaném ntb, je to subjektivně pořád úplně v pohodě v porovnání s aplikacemi z nativních balíčků.
Ale samozřejmě nevím, možná má autor ještě něco staršího :)