Když jsme u těch alternativ, tak se mi velmi osvědčil Scilab, http://scilab.org
Bazírovat na kompatibilitě s Matlabem imho nemá moc smysl. Větší projekty v tom stejně nepoběží, protože nebuou mít k dispozici potřebné toolboxy a zbytečně se tím jen plýtvají síly na implementaci užitečnějších vlastností.