Na sazbu čehokoli záludného je přeci TeX. Co třeba balíček PPCHTeX? http://www.pragma-ade.com/general/manuals/mp-ch-en.pdf
Je vidět, žes nikdy ty struktury nekreslil. Programy tohoto typu se ve většině případů používají jako "chemická kalkulačka", přičemž jakékoli použití LaTeXu jde stranou. Pak, když dospěješ do fáze, že něco objevíš a opravdu to použiješ k publikaci svých poznatků, potřebuješ to exportovat pro publikaci. Ano, v tomto případě je balíček PPCHTeX pro LaTeX použitelný, ale NIKDO ho nebude používat přímo. Pokud někdo tento balíček používá, tak jedině nevědomky jako modul pro export do PDF, PS apod. Vůbec bych se nedivil, kdyby například Marvin na tomhle balíčku měl postavený export (nevím, neověřoval jsem si to). Valná většina chemiků, kteří používají tyto programy jsou otroci MS Windows a ChemOffice. Vydavatelství, která přijímají články k opublikování, akceptují formát .doc v každém případě, dnes už naštěstí stále častěji i .odt a .tex, ChemDraw je pro ně modla a každé vydavatelství pro ChemDraw poskytuje konfigurační soubory se stylem (definuje délku a šířku čar pro vazby, vel. písma, font...).
K použití zmíněného a podobných balíčků je tedy NUTNÁ grafická nadstavba.