Hlavní navigace

Tvorba strukturních chemických vzorců

Michal Černý 1. 12. 2010

Čas od času někteří z nás potřebují vytvořit nějaký ten chemický vzorec nebo napsat průběh nějaké zajímavé reakce. Obzvláště tvorba strukturních vzorců do organické chemie je poměrně náročná, a tak možná přijdou vhod tři softwarové nástroje, které vám s touto nepříjemnou prací výrazně pomohou.

Chemtool – efektivní kreslení pro chemiky

Prvním nástrojem, o kterém se zmíníme je Chemtool. Jedná se o poměrně jednoduchou aplikaci, která je určená pro tvorbu grafických vzorců v chemii. Asi každý, kdo se o něco podobného pokoušel například v Draw či Inkscape, mi asi dá za pravdu, že se nejedná o nijak pohodlnou činnost. Chemtool je pak nástrojem, který ji podstatným způsobem ulehčuje. Je určen především pro takzvané strukturní vzorce, které mají kromě jednotlivých prvků ve sloučeninách znázornit také jejich uspořádání. Jeho hlavní využití tedy bude v organické chemii – ať již mezi chemiky, učiteli nebo i obyčejnými uživateli, kteří potřebují podobnou sloučeninu čas od času nakreslit.


Základem kreslení je vámi zvolená šablona, která díky přichytávání k mřížce a předefinovanými body, které jsou rozmístěny po určitých úhlech (např. po 30°) umožňuje velmi rychle kreslit benzenová jádra, složeniny z nich utvořené i lineárněji uspořádané objekty. Vše je poměrně rychlé a pohodlné. Nechybí ani možnost vkládat popisky – do řádky napíšete text a pak jen klikáte, kde všude se má objevit; to je další příjemná drobnost při výpisu uhlíkových skupin či vodíků. S objekty je možné různě manipulovat, převracet je, otáčet, měnit jejich rozměry či barevnost. Nechybí ani možnost vkládání závorek. Samozřejmostí je také snadné přidávání násobných vazeb,

Velice příjemná je také galerie vzorů, která nabízí přehled základní vzorců, které je možné jednoduše umístit na plochu a pak s nimi dále pracovat. K dispozici je ze „základních stavebních kamenů“ asi vše potřebné na úrovni středních škol. Opět se jedná o příjemné urychlení a zjednodušení práce.

Potěšitelné jsou možnosti exportu – svg, mol, LaTeX, eps, png a další. Nechybí ani možnost importu souborů. Celkově je práce s Chemtool velice jednoduchá, přímočará a efektivní. Pokud potřebujete čas od času napsat nějaký strukturní vzorec, stojí jistě tento nástroj za zvážení.

EasyChem

Také EasyChem slouží na tvorbu strukturních vzorců či zápisu chemických reakcí. Jak již název napovídá, aplikace se snaží být maximálně jednoduchá a rychle funkční. Aplikace nabízí jednoduchý přepínač, kterým vyberete, jaký druh úprav chcete provádět (přidávat, rotovat objekty, přemísťovat,…). Pak je již možné se přímo dát do práce. K dispozici pro kreslení není na výběr mnoho funkcí, ale v zásadě vše dostačuje; je možné kreslit čáry (vazby), kruh, kruhovou výseč, šipky nebo vkládat text.


Práce je opravdu jednoduchá a příjemná, zvláště pro méně rozměrné scény. Nastavit je možné samozřejmě také násobnost vazeb (myslím, že daleko jednodušeji než v Chemtool) barvy, druhy šipek a čar atp. Pokud nemáte nějaké velké ambice a nevyžadujete předefinované vzory nebo širší nabídku importu, může být EasyChem tím pravým nástrojem, zvláště pro občasnou práci. Výsledné dílo pak můžete vyexportovat do eps, pdf či fig. Aplikace je dostupná pro Linux i Mac OS X.

XDrawChem

Z našeho přehledu je XDrawChem asi nejkomplexnější a nejvýkonnější nástroj, který lze na tvorbu chemických vzorců, zápisů reakcí nebo kreslení orbitalů. Spektrum funkcí tohoto nástroje je skutečně poměrně velké a to nejen v oblasti zápisu nějakých informací, neboť aplikace si poradí také s vykreslením spektra vámi zvolené molekuly nebo s analýzou síly vazeb. Při tvorbě materiálu je možné si nechat zobrazit mřížku, aby výsledek měl patřičnou estetickou úroveň.

XDrawChem nenabízí kreslení molekul pomocí osmiúhelníku, ale k dispozici je sada nejčastější tvarů, jako je benzenové jádro, cyklohexan a další. Mimo to je k dispozici poměrně bohatá a dobře strukturovaná nabídka nejčastějších organických látek a skupin, které je možné přímo vložit. Pokud si potřebujete něco dodělat sami, není třeba se nijak obtěžovat s estetikou návrhu – ten pak jedním tlačítkem vytvoří přímo program, což je další příjemné zjednodušení a urychlení práce.

Aplikace nabízí také znázornění vazeb, orbitalů či fotonů; kreslení kruhových výsečí, závorek na vzorce a mnoho dalšího. To vše opět na jedno kliknutí. Zajímavým zlepšovákem je také možnost seskupovat objekty dohromady, tak jako v klasickém, vektorovém editoru a manipulovat s nimi současně. K dispozici je také zoom.


Užitečné je, že standardní tvorba schémat je na klasický formát A4, což usnadňuje práci s tiskem. Naopak ne zcela ideální je práce s textem, u kterého by se hodilo inteligentnější zalamování. Perfektně je proveden export dat – od klasického PDF, png či svg až po formáty programů pro chemicky.

Aplikace nabízí poměrně vysoký komfort a pokud pracujete s chemickými vzorci často, jistě jeho možnosti oceníte. Na druhou stranu je potřeba konstatovat, že aplikace čas od času nepředvídatelně spadne a pro jednodušší práci se možná jedná o nástroj z kategorie „kanón na vrabce".

Našli jste v článku chybu?

11. 1. 2011 19:37

Honza (neregistrovaný)

Leze mi z ní mráz po zádech.Nenávidím toto téma.Kdybych měl na ni napsat slohovou práci, budu napsal bych leda tak "výkal",...

30. 12. 2010 13:55

Viktor z VŠCHT (neregistrovaný)

Je vidět, žes nikdy ty struktury nekreslil. Programy tohoto typu se ve většině případů používají jako "chemická kalkulačka", přičemž jakékoli použití LaTeXu jde stranou. Pak, když dospěješ do fáze, že něco objevíš a opravdu to použiješ k publikaci svých poznatků, potřebuješ to exportovat pro publikaci. Ano, v tomto případě je balíček PPCHTeX pro LaTeX použitelný, ale NIKDO ho nebude používat přímo. Pokud někdo tento balíček používá, tak jedině nevědomky jako modul pro export do PDF, PS apod. Vůb…

Podnikatel.cz: Podnikatelům dorazí varování od BSA

Podnikatelům dorazí varování od BSA

Root.cz: Vypadl Google a rozbilo se toho hodně

Vypadl Google a rozbilo se toho hodně

Vitalia.cz: Pečete cukroví a zbyl vám bílek?

Pečete cukroví a zbyl vám bílek?

Podnikatel.cz: Přehledná titulka, průvodci, responzivita

Přehledná titulka, průvodci, responzivita

Podnikatel.cz: Babiše přesvědčila 89letá podnikatelka?!

Babiše přesvědčila 89letá podnikatelka?!

Vitalia.cz: Mondelez stahuje rizikovou čokoládu Milka

Mondelez stahuje rizikovou čokoládu Milka

Lupa.cz: Teletext je „internetem hipsterů“

Teletext je „internetem hipsterů“

Vitalia.cz: Jsou čajové sáčky toxické?

Jsou čajové sáčky toxické?

DigiZone.cz: ČRa DVB-T2 ověřeno: Hisense a Sencor

ČRa DVB-T2 ověřeno: Hisense a Sencor

120na80.cz: Horní cesty dýchací. Zkuste fytofarmaka

Horní cesty dýchací. Zkuste fytofarmaka

Podnikatel.cz: Na poslední chvíli šokuje výjimkami v EET

Na poslední chvíli šokuje výjimkami v EET

Měšec.cz: Finančním poradcům hrozí vracení provizí

Finančním poradcům hrozí vracení provizí

DigiZone.cz: Sony KD-55XD8005 s Android 6.0

Sony KD-55XD8005 s Android 6.0

Měšec.cz: Kdy vám stát dá na stěhování 50 000 Kč?

Kdy vám stát dá na stěhování 50 000 Kč?

Podnikatel.cz: 1. den EET? Problémy s pokladnami

1. den EET? Problémy s pokladnami

Vitalia.cz: Láska na vozíku: Přitažliví jsme pro tzv. pečovatelky

Láska na vozíku: Přitažliví jsme pro tzv. pečovatelky

Root.cz: Certifikáty zadarmo jsou horší než za peníze?

Certifikáty zadarmo jsou horší než za peníze?

Měšec.cz: U levneELEKTRO.cz už reklamaci nevyřídíte

U levneELEKTRO.cz už reklamaci nevyřídíte

DigiZone.cz: Flix TV má set-top box s HEVC

Flix TV má set-top box s HEVC

Podnikatel.cz: Víme první výsledky doby odezvy #EET

Víme první výsledky doby odezvy #EET