Je to jenom o výchozím nastavení. Yum má nastavené, že se databáze balíčků obnovuje až při prvním použití, aby pracoval s opravdu aktuálními daty. APT není nijak výrazně rychlejší, jen si tu databázi pravidelně stahuje na pozadí. Stejně funguje DNF. I v Yumu lze ale takové chování nastavit. Nevýhoda je, že člověk nepracuje s aktuálními daty a může tam být oproti repozitářům nějaká delta.
Jasně, oni to totiž všichni cucají z prstu... Používám DNF od fedory 19 a musím říct, že je opravdu rychlejší...
http://fedora.cz/stav-dnf-ve-fedore-19/