Christian na to odpovídá tady: http://www.gnome.org/news/2015/01/interview-with-christian-hergert-about-builder-an-ide-for-gnome-2/
Jeho názor je, že postavit něco na Eclipse nebo podobném pluginovém IDE by byla spíše nevýhoda než výhoda. Navíc on nevymýšlí kolo, Builder používá hromadu už existujících komponent: gtksourceview, Glade, autoconf,... je to spíš spojování již existujících nástrojů do fungujícího celku než vytváření IDE na zelené louce.
U Anjuty je problém, že si hodně věcí implementuje sama, Builder naopak integruje nástroje, které GTK vývojáři skutečně používají.
Nejsem GTK vývojář, ale pokud mu tam několik dlouholetých vývojářů GTK pošle po 1000 dolarech, tak si myslím, že je to znak toho, že to opravdu není zbytečný nástroj a že by stejného šlo dosáhnout s již existujícím nástrojem, třeba Anjutou.