Osobně používám scp na běžné zkopírování adresáře s profilem a funguje to naprosto bez problémů. A to i při kopírování Linux → Windows nebo naopak. Stejně tak u Thunderbirdu.
Je mozne nastavit, co vsechno se syncuje a co z toho se syncuje kryptovane. Moznosti jsou Cookies, Passwords, History, Tabs and windows, Bookmarks. Syncuji vzajemne 3 FF k plne spokojenosti.