Odpověď na názor

Ono to opravdu je reálně jedno, pokud tam jsou jen dvě složky: Inbox a Archiv. Problém je, že načítání hlaviček těch tisíců zpráv, neřku-li fulltextové prohledání jejich obsahu, je poněkud dost náročné na systémové prostředky. (A ve chvíli, kdy jsou ty složky kdesi v cloudu, ale prohledávají se lokálně, je to ještě lepší!)
Mnohem lepší je použít nějakou přibližnou adresářovou strukturu, a prohledávat v ideálním případě maximálně pár stovek e-mailů.
A - mimo jiné - je důležité nedůležité co nejdříve vyhodit a vysypat koš. ;o)