Podle originálního oznámení se jedná o chybou pouze ve verzi 4.0 a vyšší, nikoliv všechny verze starší než 4.0.21. Takže v 3.x by měla být v pořádku.
https://www.samba.org/samba/security/CVE-2014-3560
Aha, takže chyba není v protokolu, ale v jedné konkrétní implementaci/aplikaci.